もう数年Shadeは使用していないので見当違いかもしれませんが、Shadeのレンダラが、透明体内での光の減衰を計算できていない可能性（計算できない仕様である可能性）があると思います。

ガラスの厚い部分の色が薄い部分より濃くなるのは、厚い部分を通過する際に光が減衰するためですので、その現象をShadeのレンダラがうまく再現できない場合、おっしゃってるような現象（厚い部分も薄い部分もガラスの色が同じ）が起こることになります。

多分、表面材質設定よりも形をなおせばうまく行くと思いますよ。
コップの底が真っすぐになっているから光が屈折しないですっぽ抜けているんでしょう。牛乳銀の底みたいに少しだけ凹ませるとそれらしく屈折しますよきっと。

拡散反射に黒を入れて透明度に薄いブルーを入れています。
shadeのサポートにも問い合わせてみたところ、いい回答は得られませんでした。コップの外側の面を下の方だけ横方向に細かく分割して透明度を落としていくというような方法をとってみましたが、よくわからない反射や映り込みができてしまいあんまり上手くいきませんでした。

色の設定はどうしていますか？

側面が5mmで底面が20mmの厚みの青みがかったアクリルのコップを作成しています。
上記のように底面がかなり厚いので実際には底面が黒っぽくなるはずなのですが、側面と同じように透過してしまってなりません。恐らくは、実際には厚みの中は詰まっているのに厚みをぺらぺらの紙のようにレンダリングしているため黒くなっていないのだと思うのですがなにかいい解決方法はないでしょうか。

質感は光沢1:0.5 0.2　透明度1.0　屈折率1.52　フレネル1.0で透明度に少し青みが入っています。
背景は上下黒で真ん中に「霧」で白を入れています。
光源はスポットライトでパストレーシングでレンダリングしています。

よろしくお願いします。