Luminousさん、書き込みありがとうございます。しかしながら、高分子が専門でないもので、まっとうな回答ができないのが現状です。分子モデリングソフトを調べられている最中だと思いますが、ものすごい数がでてくると思います。比較的安価なもので、単純に高分子を可視化したいのであれば、お手持ちのChem DrawからChem3Dや、HyperChemで高分子3D描画すればよいのではと思います。ただ、最適化計算を研究の目的の１つとしてをやりたいのであれば、それなりのソフトを使用しないといけない気がします（特に高分子の場合は、高分子に特化したソフトAccelrys社のMaterials Studioなどほかにもいろいろあると思います）。Chem3Dは、どうも巨大分子の安定化計算が不得意な気がしてます（低分子であれば問題ないのですが）。ちなみにこの画像のトルエンは、Chem3Dにて最適化計算したモデルです。フラーレンはDs viewerによるもの、カーボンナノチューブは分子座標（Excel）よりShadeスクリプト作成アプリを作られている作者さんの物を利用させていただきました。
こんな回答ですみません。

高分子合成化学を研究しているものです。最近、分子の3次元モデルを描くソフトを探しています。私は、CS Chem Drawというソフトで構造式を入力した後にChem3Dというソフトで3次元化しています。分子の3Dモデルを作る詳しい方法やソフトを教えていただけたら幸いです。