曲面の場合、曲面に投影可能な平面が設定できるのならラインフィットを使う事ができるかもしれません。
例えば上面図から見て弓形、正面図から見て長方形のようなものなら正面図で分割した自由曲面(穴の場合なら4つに分割)を作り、ラインフィットで「側面図｣方向にフィットさせるとそこそこうまくいくことがあります。
以前建築パースで曲面の壁に穴をあけるために試した事があります。（さすがにこの方法をラジオシティーに使う勇気はありませんが...）

私は線形状の組換えを良く使いますけど‥‥

自由曲線（パラメトリック曲線）による線画は始点から終点までを
１本の線で描くことになり、事実上分岐している線は描けないこと
になります。

これは分岐する場合は分岐点を新たに始点（もしくは終点）に
しなければならないということですので、skatan さんが行われて
いる方法以外はないのではないかと思います。

形状の複雑さ、線形状の数などにもよりますが分割は必要部分を
切り出して加工する（線形状の取り出し）とか、皺はCP・ハンドル
の位置を調整することである程度綺麗になります。
曲線分割は状況の限定はあるのですが、せん断を利用することに
より一部可能です。

ブーリアン手法を使わず自由曲面の分割、特に切り欠きや穴あけはどうしていますか？
私は元になる自由曲面にコントロールポイントを追加してから自由曲面をコピー＆ペーストして各々の自由曲面の重なり合っている部分を削除しています。只、この方法ですと切り欠き等を追加する場合、自由曲面に幾つもCPを追加するので皺の発生原因となってしまいます。また、曲線による分割等は至難の業です。
皆さんはどの様な方法で行っていますか？