> 現段階ではChem3DからShadeへのコンバートをどうすればいいのか？
> といったことが問題です。

Chem3Dは一般的な3Dモデル形式での出力ができないみたいなので苦しいですね。
ActiveXが使えるようなのでXファイルかなんかに出力できるのかも‥

昔、低分子を創ってみようと思ってやったのがありました。
http://www.ff.iij4u.or.jp/~hrmiyata/tes/lmc/lmc.htm
こんな程度なら手作業でなんとかなるかも。
ポリマーであれば単位構造を並べていけば創れないこともないです。

お返事ありがとうございました。といってもこちらの返信が遅すぎたかもしれませんが…
私がScheme作成に使用しているソフトは
Illustrator
Chem3D
Facio(http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio_Jp.html
)
といったところで、
高分子といっても、モデリングをしたいのは
模式図やモノマー・オリゴマーといったものなので、
そんなに凝ったソフトはいらないような気がします。

現段階ではChem3DからShadeへのコンバートをどうすればいいのか？
といったことが問題です。

Chem3Dはイギリスの大学かなんかでデータベースを公開していたかも。
ただし低分子（mw数千以下）だったように記憶してます‥といっても1990年代の話です。

あと、どういった分子模型かによりますが、加藤さんのPolyhedraに切頭二十面体がありますけど、これなんかフラーレンですよね。
蛋白の３次・４次構造は無理だと思いますが、ある程度形式化できる分子であれば、こういったものを組み合わせてもできるかもしれませんね。

こんにちは、momochiさん。前述リンク先の本人です。

Luminousさんへ向け、分子モデリングソフトから３DCG（Shadeも含め）への連携という意味で書きます。私のoriginal pluginはバグが多くいろいろと問題が起きそうなので残念ながら現在は公開を見合わせています（私的使用には十分耐えます。ただし、直メールがくれば話は別ですが。）。
もし、分子モデルを一般的な３DCGソフトでレンダリングしたい方がいらっしゃいましたら、以下の３DCG系ファイルをはきだせる分子モデル関連フリーウェア（win環境のみで、高分子に特化していません）を使用すると一通りのことはできると思います。一部、加藤さん、宮田さんが書かれたことと重複する部分もあり申し訳ないです。

・Chimera (out： VRML, X3D)
・DS Viewer Liteまたは旧WEBLab Viewer (out： VRML)　１年ぐらい前まではフリー版がありましたが、現在もどこかでダウンロードできるかもしれません。
・Winmostar (out： tempとしてVRML)　国産
・MOLDA for Windows（out： VRML）国産

あとは、適当なコンバーターを介して使用したい3DCGに取り込むことができます。

Luminousさんの質問の、どういったソフトが使用されているかですが、実際のところ分からないです。シェアとは関係なく、よく耳にする一般的なソフト（高分子でなく）は以下のものです。

・専門分野に特化したソフト
・大学などの大型計算機センター使用ソフト
・Chem3D、HyperChem、CrystalMaker、DS Viewer、Chime
・PovRay、Raster3D

興味のある方がいればよいのですが。

北海道大学 赤坂氏は Shade にオリジナルのプラグインやスクリプトをこさえて、カーボンナノチューブなどの分子モデルイラストレーションを作成されておいでのようです。

サイトによると、利用したプラグインなどは、何らかの形で公開して行きたいと書いていらっしゃるので、直接メールなりしてみてはいかがでしょうか？


って、直リンしてよかったのかしら？

<これは分子軌道設計の分野なので、一般のCGソフトとはちょっと系統が異なりますね。

もちろんそうですね。
有機化学の研究者の方ということですから、一般の CG ソフトでどこまで満足されるかはご本人の判断次第ということで。

フリーのものをお捜しであるのなら、下で紹介しておいたサイトにアクセスして、関連しような所を片っ端にのぞいていってみてください。

アメリカの大学の ftp site などでフリーのツールが沢山置いてある所などが見つかります。
まあ、目的にあったソフトがあるかどうかは、根気よく確認していくよりありませんが、なにせタダですから。

これは分子軌道設計の分野なので、一般のCGソフトとはちょっと系統が異なりますね。
多くの市販計算ソフトは視覚化できるようになっていますが個人で手にできる値段ではないです。

低分子であれば学術用に創られたフリーのものがあったと思いますが、高分子だとあるのかな？
あとは、分子構造を送れば視覚化してくれるサービスもあったと思いますけど‥昔の話なのでちょっと自信がないです。

大体の形で良いのなら、おおよその分子間距離を求めて球を配置すれば昔ながらのモデルになりますし、メタボールのような手法を使えば擬似オービタルのようなモデルができるんではないでしょうか。

おっと、もう一カ所めっけ、

http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/molbio-j.html

こんにちわ、

ここで捜してみてはどうでしょうか。

http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/protein/research/other/index2.html

有機化学(高分子合成化学)を研究しているものです。論文を読んでいると、この分子モデルかっこいいな〜という論文によく出会うのですが、どういったソフトを使っているのかよくわかりません。もしご存じの方がいらっしゃいましたらぜひ教えてください