＞K.Kageyamaさん
ポップアップの時点で保存というのは良いかもです。
オリジナル画像が消去されるのが仕様だとしたら怖い面もあります。アルファチャンネルなどを出してから保存しちゃうと悲しいことにもなりかねないですし。

＞osamuさん
Gimpのバージョン2.05（フォント無しで起動）なのですが、試してみたところPSDファイルに他チャンネル付だとうまく開けませんでした。バージョン2.2はまだ試していないので、今度試してみます。
GimpでPSDを開く場合、色深度は8bit、RGBチャンネルは無しのZ値もしくはアルファチャンネルのみの場合で開くことができました。
ペイントショッププロは持っていないのでなんともいえないのですが、ちょっと手順が面倒そうですね。

今試してみたのですが、
Shade7.5 stdからα付きで出力した.psdファイルを、
GIMP2.2で問題なく開けているようです。
チャンネルウィンドウを開くと
RGBの他にアルファチャンネルが確認できます。

ちょうど数日前にPaintShopPro（PSP)の体験版を入れてあったので
そちらでも試してみました。
.psdは開けるもののPSPにはチャンネルという概念がない？ようです。
メニューからレイヤー→マスクのロード→アルファチャンネルから…
でアルファチャンネルをマスクとして扱えるようです。

うりさん、こんにちは。
The GraphicsというソフトとGimpを試してみたのですが、やっぱり別チャンネルには保存されないようでした。
試してみたのは、TIFF、PNG、PDS、TGAです。PICTはソフト側が対応していなかったです。

同じフォーマットでもソフトによって対応具合は色々みたいですね。

他の形式でもアルファチャンネルを含む形式がありますので、お使いのソフトと相性の良さそうな形式を探してみるといいですよ。
私は.psdが使えない頃.pctを使っていました。

現状のアルファチャンネルの取出しも中途半端な仕様な部分もありますので、今後の改良に期待ですね。
アルファチャンネルのポップアップが出た時点で、コピー、保存ができたらオリジナル画像を消すこともありませんし。
というか、オリジナル画像を消去してまでアルファチャンネルを表示したいと思うこともありませんしね。

K.Kageyamaさん、返信ありがとうございます。

やはりPhotoshop形式だと別チャンネルで保存されるのですね。
私はThe Graphicsというペイントソフトしか持っておらず、これだとPSD形式を開けるのですが、アルファチャンネルなどが無い状態になっておりました。
こればっかりは値段相応のペイントソフトだから仕方ないということなのかもしれません。

レンダリング画像をPhotoshop形式で保存するとRGB以外にアルファチャンネルとZ深度のチャンネルが保存されます。両チャンネルを使用の際はPhotoshop形式で保存することをお勧めします。

レンダリング後、Z値やアルファチャンネルを取り出す際に、イメ
ージウインドウ上で右クリックからそれぞれを抽出しています。

一度アルファチャンネルなどを抽出した後に元の画像が欲しいと
きはどうすればよいのでしょうか。元の画像への戻し方が分から
ないため、抽出後は上書保存せずにシーンを閉じるなどの非効率
的な作業をしております。

使用ソフト
Shade8.5 Profesional
Shade7.5 standard