人型の骨格は人それぞれだと思いますが、私流で回答します。

ボールジョイントで骨格を組む場合、雲台としてヘソの辺り
から造り始めます。
ここを中心（ルート）とするわけです。
雲台から上半身、下半身と徐々に枝を増やしていきます。

以下参考に昔造ったキャラの骨格画像を張っておきます。
http://plaza.rakuten.co.jp/uoo1990/diary/200801070000/

リアルキャラだともっと複雑になりますが、基本は同じです。

あと、骨格にモデルを関連付ける作業がスキン設定なのですが、
通常はボールジョイントに入れず、別パートで人型モデルの全ての
ポイントに対してスキンを設定します。

ボールジョイントにオブジェクトを入れる方法もあるのですが、
ＢＪの利点が生かせないので、髪など独立したものを除き、
人型キャラはスキン設定するのが無難です。

蛇足ですが、スキン設定は失敗すると形状が崩れて戻せなくなる
場合があるので別ファイルでのセーブはこまめにしたほうが良いです。

ご参考までに。

人型のキャラにボールジョイントを入れて動かそうと思ったのですが、いったい何個どこに入れたらいいかで悩んでます。皆さんは人型もしくは人にボールジィントを入れるならどこにいれますか？

一応、手首、ひじ、肩、腰、太もも辺りの関節、ひざ辺りの関節、足首、頭部に入れてみたのですが頭を動かすと体全体が回ったり足を動かすと肩が置いてきぼりになったりボールジョイント入れるとほかのボールにつながったりします。この現象はどうしたら回避できますか？

回答おねがいしますいたします