レスありがとうございます。他のパート部分で同様にしてみるとうまくいきました。
なぜかその部分だけ少しおかしくなってるみたいです。ブーリアンの表現は他ソフトに移行後行いたいと思います。

状況がよく判りませんが、演算が合っていないのではないでしょうか？
ブール演算は順番がありますから、どの形状とどの形状の演算をどういった
順番でどのように行うかをはっきりしておかないと意図と異なったものになります。
ブーリアンレンダリングで意図どおりに表現されているか確認後に変換した方が
良いと思いますよ。

単純に斜めに穴をあけただけの形状ですけど、テスト形状です。
３つの形状（バートと結果１、結果２）は全て同じレンダリング結果になるはずです。
http://www.ff.iij4u.or.jp/~hrmiyata/tes/booltes.zip
2KB、Zip圧縮、解凍時18KB、Shadeデータ。

すいません、Bの位置がもう少し右です。穴の入り口の所です。

一部の形状を他のソフトに持って行くのでエクスポートする前にブーリアン部分をブーリアンモデリングでポリゴンに変換しようと思うのですが、形状に斜めに穴をあけた部分で
　　　　　　　　A B　
面ーーーーーーーーーーーーーー
　　　　　　　　　　／　　／
　　　　　　　　　／ 穴 ／　　
　　　　　　　　／　　／
　　　　　　　　￣￣￣
穴をあけられている形状のポリゴンのBの部分に穴があいているのはいいのですが
下に穴があいている空間がきているAの部分にも穴があいてしまっています。
分かりにくい文で申し訳ないですが、これを防ぐにはどうすればいいのでしょうか？