OBJは、単独ではマテリアル情報を持てないファイルフォーマットです。
そのため、RENRENさんが書かれているようにMTLファイルを参照することで、マテリアル情報を取り扱うことができます。

MapCubeの詳しい仕様は分かりませんが、サイトの紹介を見る限りMTLファイルには対応しているようです。
エクスポートする時の設定で「テクスチャ用フォルダを作成」オプションをオフにして試してみてはいかがでしょうか？

OBJ入出力は、ソフトによって若干動作が異なる場合があり、設定を変更することで問題が改善することがあります。

SHADE7.5Proを使用しています。
3次元CADで作成したデータをDXFを介してSHADEに読み込み、マテリアルを設定したデータをOBJで書き出して、他のCGソフトに取り込みたいのですが、OBJファイルにマテリアルデータを持たせることが可能でしょうか？
SHADEからOBJに出力する時に、以下の設定で出力してみたのですが、OBJと一緒に拡張子MTLのファイルができました。
OBJファイル
テキストファイル【DOS】
出力【すべての形状】
曲面の分割【普通】
□ 三角形に分割
□ 両面化
□ 法線(スムージング)
■ UV値
■ マテリアルファイル
■ テクスチャ用フォルダを作成
他のソフト(3次元GISソフトMapCube)でこのOBJを読み込んだところ、形状のみでマテリアルは読めていませんでした。
マテリアルはおそらくMTLファイルに出力されているのだと思うのですが、OBJ自体にマテリアルを持たせることが可能でしょうか？
何卒ご教示ください。よろしくお願いいたします。