自由曲面はポリゴンメッシュに変換したときに、Shadeバージョンによって頂点数・ポリゴン数は変わることがあって、このへんはヘアーサロンでも互換性が取れないので、ヘアーサロンでの形状データの持ち方の方法を考え直さないといけませんね。
（大きな変更になりますので、おそらくマイナーアップでは対応できない部分ではありますが、メジャーアップ時には対応できれば）
一度保存したものを再度ヘアー設定ウィンドウで見てもクリアされる、のは揺れる誤差で頂点がまとめられてしまった、というのが考えられます（Macは結構開発段階で小数のゆれを確認しましたので）。

さて、添付のファイルですがありがとうございます。
検証してみました。
ポリゴンに変換してみれば分かりやすいのですが、両面のポリゴンが存在しますね。
当然ながら現在リリースされているヘアーサロンでは両面の部分は不正になります。直したバージョンでは両面の部分が分かりやすく見えつつ（という風に手を加えてます）、その部分にもヘアーガイドは生やすことができるようになっていて、かつポリゴン欠けはない状態にはなってました。たぶんこれでOKかな。

しかし、この極小ポリゴン、あらゆるところで難解なバグを引き起こす原因となるため（アンダーフローしかり）、ほかのプラグインでも追わないといけないなぁと思ってます。
（正直言うと、自由曲面からの変換で起こりうる例が大半だと思いますので、SDKレベルでのデフォで極小ポリゴンは除去してほしかったり。最近、面積0のポリゴンが生成されていることに気がつきました(^_^;;）

極小ポリゴンが原因かと思いましたが、検証結果をみると、これは単純に
両面ポリゴンの問題なのですね。失礼しました。

重複したポイントの内側のハンドルで生成されている曲面がポリゴン分割時に
輪状態の曲面として生成され、両面ポリゴンとなっているのですね。

ポリゴンの分割を荒いにすると、この両面部分は生成されなくなります。

当然ながら、重複ポイントの内側のハンドルをカットすることにより、ヘアサロンでも面欠けを起こさずに、正しく表示されることを確認しました。

同じような内容で何度も書き込んで申し訳ありませんが、誤解をまねくようなバグ情報を提示したままにして、よけいなバグを招いてしまわぬように、ちょっとしつこくレポートさせていただいております。

余談ですが、pythonスクリプトでは、macで得られる座標値は結構丸められており、windowsでの数値はゆらぎまくっています。同一ポイントを判断するスクリプトを書いたとき、これで結構泣かされました^^;