気になったので、再度確認したところ他の全てのジョイントも同じ現象でした。
ということで、プラグインで取得できる位置は、全てローカル座標で、
ローカルモードの場合の表示状態は、その選択ジョイントの位置の表示ではなく、
その子のローカル位置を表示するということのようです。
という仕様なら納得できます。

掲題の件ですが、今迄
ball_joint_interface::get_position() で取得する位置は、
ローカル座標で、
shape_class::get_local_to_world_matrix()
もしくは、スキンが掛かっている場合は、skin_class::get_skin_world_matrix()
を掛ければ得られると簡単に考えてました。
実際にグローバル座標値は、これで正しい値が得られているようです。
しかし、図形ウインドウをローカルモードにして取得したローカル位置を
比較してみると、表示内容と得られた値が異なるように見えます。
実際のローカル座標値としては、得られた座標値に、
形状情報ウインドウに表示されているマトリックス(get_transformation()で得られる)
の逆変換を掛けた値になるように見えます。
この辺、仕様的にどうなのでしょうか？
出来れば、夫々の値を正確に取得する方法を明示して貰えないでしょうか？